通过及时告知靶向治疗，快速全基因组测序可以改善患有遗传病的重病儿童的预后，特别是新生儿和儿科重症监护病房（ICU）的婴儿。然而，由于需要高素质的专业人员来解读结果，因此无法广泛实施。我们描述了一个人口规模的平台，通过自动表型和解释对遗传疾病进行临时诊断。通过直接从血样中制备珠基基因组文库和在15.5小时内对100个nt片段进行测序，加快了基因组测序。临床自然语言处理（CNLP）从电子健康记录中自动提取儿童深层表型，准确率为80%，召回率为93%。
在101名患有105种遗传性疾病的儿童中，平均4.3个CNLP提取的表型特征与这些疾病的预期表型特征相匹配，而在人类解释中使用的0.9个表型特征相匹配。我们通过结合患者CNLP表型与所有遗传疾病的预期表型特征的相似性排序，以及所有患者基因组变异致病性的排序，自动进行临时诊断。自动、回顾性诊断与专家手动解释一致（95名患有97种遗传病的儿童的召回率为97%，准确率为99%）。前瞻性地，我们的平台正确诊断了7名重症监护病房婴儿中的3名（100%准确率和召回率），平均节省时间22:19小时。在每一个病例中，诊断都会影响治疗。基因组测序与自动表型分析和解释（中位数为20:10小时）可提高ICU的采用率，从而及时实施精确治疗。
未完待续……
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