子宫内膜异位症可通过扭曲盆腔解剖结构和引起局部盆腔炎影响自然生育能力，从而影响卵母细胞质量、输卵管功能和精子受精能力。可以预见有两种方法，一种是为了恢复正常而消除疾病（手术），另一种是通过在卵巢中提取卵母细胞并允许其在体外受精（IVF）来克服疾病。这两种治疗方法似乎都是理性和明智的。然而，尽管这显然是一个简单的临床场景，但在过去二十年中，子宫内膜异位症相关不孕症的治疗引起了长期而激烈的争论，迄今尚未达成共识。强有力的科学证据很少，实际上仅限于证明腹腔镜手术适度增加自然受孕的机会。
在这场辩论中，值得注意的是，怀孕的机会并不代表唯一的利害关系。其他因素也可以发挥作用，值得考虑。考虑到生育治疗的选择，他最相关的是：1）卵巢子宫内膜异位症及其切除对卵巢反应性的影响，2）子宫内膜异位症和子宫内膜异位症对卵母细胞质量的影响，3）子宫内膜异位症（特别是感染）时取出卵母细胞的额外风险4）子宫内膜异位症相关输卵管积水的有害影响，5）子宫内膜异位症对子宫运动和子宫内膜容受性的影响，5）子宫内膜异位症相关子宫腺肌病的混杂效应。不幸的是，对于这些问题的绝大多数，证据是不确定的，医生必须根据他们的临床常识作出决定。
